منذ استقلالهما في بداية تسعينيات القرن العشرين، تشهد قيرغيزستان وطاجيكستان مشاكل حدودية مع بعضها البعض، وتمتد الحدود بينهما حوالي ألف كيلومتر، وبعد انهيار الاتحاد السوفيتي بقيت عشرات المناطق الحدودية محل نزاع بين البلدين.